Lembaga Mahasiswa merupakan wadah bagi mahasiswa untuk mengembangkan kapasitas kemahasiswaannya berupa aspirasi, inisiasi, atau gagasan-gagasan positif dan kreatif melalui berbagai kegiatan yang relevan dengan tujuan pendidikan nasional serta visi dan misi institut perguruan tinggi itu sendiri
Badan Eksekutif Mahasiswa Keluarga Mahasiswa Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (BEM KM UMY) adalah organisasi mahasiswa intra kampus yang merupakan lembaga eksekutif di tingkat pendidikan tinggi yang dipimpin oleh seorang Presiden Mahasiswa atau Ketua BEM. Dalam melaksanakan program-programnya, umumnya BEM memiliki beberapa kementerian dan departemen atau bidang. Berbeda dengan himpunan mahasiswa di setiap jurusan, cakupan atau ruang lingkup Badan Eksekutif Mahasiswa bisa lebih luas mencakup satu fakultas atau satu perguruan tinggi. Dalam hal ini Badan Eksekutif Mahasiswa mengadaptasi eksekutif dalam pemerintahan yang bertanggung jawab untuk menerapkan hukum atau kebijakan lainnya yang berlaku pada suatu fakultas ataupun pada suatu perguruan tinggi.
Dewan Perwakilan Mahasiswa Keluarga Mahasiswa Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (DPM KM UMY) adalah suatu lembaga tinggi legislatif organisasi kemahasiswaan, yang berfungsi mengawasi Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) di tingkat Universitas, sebagai lembaga yang berwenang dalam pembentukan dan revisi UU Keluarga Mahasiswa, dan sebagai forum perwakilan mahasiswa untuk menampung serta menyalurkan aspirasi mahasiswa untuk seluruh mahasiswa aktif UMY. DPM dipilih langsung oleh Mahasiswa melalui pemilihan umum (Pemira UMY). DPM
Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (IMM) adalah sebuah Organisasi Mahasiswa Islam, sekaligus Organisasi Ortonom Muhammadiyah yang bergerak di bidang Keagamaan, Kemahasiswaan, dan Kemasyarakatan. IMM dibentuk di Yogyakarta pada tangggal 14 Maret 1964. IMM sendiri memiliki tujuan “mengusahakan terbentuknya Akademisi Islam yang Berakhlak Mulia dalam rangka mencapai Tujuan Muhammadiyah”. Dengan identitas IMM yang merupakan sebuah organisasi gerakan mahasiswa, IMM dapat menjadi wadah bagi mahasiswa untuk menyalurkan ide-ide pembaharuan dan pengembangan. Sebagaimana tertuang dalam tri kompetensi dasar IMM, yaitu religiusitas, intelektualitas, dan humanitas, kader IMM memiliki tanggung jawab terhadap tiga bidang tersebut. Maka kader IMM harus memiliki tauhid yang kuat dan internalisasi pemahaman-pemahaman Muhammadiyah, intelektual yang tinggi dengan nalar-nalar kritis yang bersih tanpa ada kepentingan, dan memiliki rasa sosial yang besar. Oleh karena itu, meskipun berada pada era industri 4.0, kader IMM diharapkan selalu dapat menjawab tantangan era dengan intelektualitas dengan selalu berpegang teguh pada prinsip-prinsip islami.